Fundacja Pogranicze powstała w maju 1990 roku. W styczniu 1991 roku wojewoda suwalski powołał do życia „Ośrodek Pogranicze - sztuk, kultur, narodów" z siedzibą w Sejnach. Część działań realizowanych przez Pogranicze ma charakter codziennej, ciągłej pracy: Centrum Dokumentacji Kultur Pogranicza, Klasa Dziedzictwa Kulturowego, Teatr Sejneński, Kapela Klezmerska, Galeria „Papuciarnia" i Wydawnictwo Pogranicze. Inne działania mają charakter cyklicznych projektów realizowanych raz lub kilka razy w roku: Człowiek Pogranicza, Pamięć Starowieku, Spotkanie Innego, Środkowoeuropejskie Forum Kultury, Cygańska Wioska Artystyczna, Europejska Szkoła Pogranicza, Otwarte Regiony Europy Środkowo-Wschodniej, Camera Pro Minoritate i Café Europa.
Fundacja przywiązuje dużą wagę do edukacji, starając się uczynić z niej istotną część działalności kulturalnej. W oparciu o Centrum Dokumentacji Kultur Pogranicza wydawane jest pismo „Krasnogruda" oraz książki z serii „Biblioteka Krasnogrudy". Pogranicze prowadzi europejski program edukacyjny dla młodzieży szkół średnich, którego celem jest pogłębianie wiedzy na temat Suwalszczyzny, z uwzględnieniem jej zróżnicowania narodowościowego i religijnego.